本文一方面赞美县令朱君无论品德或为政，都以“仁”为本，是一位忧民、忧天下的仁爱县官；另一方面，作者借题发挥，阐明自己所主张的儒家的“仁”政。全文抒情议论并重，文字充满激情，韵味深厚，读起来引人入胜。
第一段先交待了石门亭的地理位置、建亭者及写“记”缘起。石门亭在青田县石门山上，是县令朱君建造的。石门山是一座名山，上有石门洞，至今仍是风景优美的游览胜地。古代的人都将自己观游的感想刻在石上，留在山中，那些石刻相对而望，难以数计。朱君为令后就建了石门亭，把那古今石刻都拾取来立在亭中，成一胜景。并且写信让外甥婿王安石作篇“记”，记其作亭之意。这段文字简约明快，为下文的议论作了张本。
第二段文字是这篇“记”的主体，全段围绕朱君“作亭之意”展开笔墨。一开头以排比的设问式揣度作亭的本意。文中写道：“其直好山乎？其亦好观游眺望乎？其亦于此问民之疾忧乎？其亦燕闲以自休息于此乎？其亦怜夫人之刻暴剥偃踣而无所庇障且泯灭乎？”一连串五个设问句，以排比出之，加强了揣度的语势，引起读者一连串的思考，急切地想得到答案。下面就分别予以分析作答。
一说，人与物之相互好恶必然因其相类，那使万物附在上面而生长，不以此为功的“山”，是“广大茂美”，富有仁爱精神。那么爱好此山之人，当然有“仁”爱之意。如此就回答了前面提出的“其直好山乎？”这一问题，并且论述到“好山”含有深刻的“仁”意在。
二说，离开城郊到野外，登山望远，其中必有感慨产生。为了阐明这一点，作者引用了“《书》不云乎：‘予耄逊于荒’”及《诗经》中的“驾言出游，以写我忧”。文中于此还分析了“忧”的内容，说“环顾其身无可忧，而忧者必在天下，忧天下亦仁也。”从而回答了前面设问中提出的“好观游眺望乎？”因而指出其亦有深刻的“仁”意在。
三说人在穷困不显达的时候怎能安闲逸乐？百姓在深山长谷中，县令与民相对为言，了解他们的疾苦忧虑，那有阻塞而听不到其疾苦呢？然后得出结论说“求民之疾忧，亦仁也。”至此回答了前面第三个设问句中的问题：“其亦于此问民之疾忧乎？”
四说当政没有大小之分，不施“德”政，民就无法教化，百姓教化顺服了，就可以没有诉讼，民没有讼事，县令才能休息无事，悠闲自得地嬉戏。这里又回答了前面的“其亦燕闲以自休息于此乎？”这一问题，这里作者将“仁”政，以“德”出之，放在教化民众之中。
五说古今之名人石刻幸在，其文字确实很好，那么他们的名与石刻都能传而不朽，使其“成仁之名而不夺其志”，又是“仁”之意也。这里亦回答了前面第五个设问“其亦怜夫人之刻暴剥偃踣而无所庇障且泯灭乎？”通过一系列的推理分析，归纳出朱君“作亭之意”乃是一个“仁”字。然后文章又以设问句言道：“其然乎？其不然乎？”
全文围绕“作亭之意”展开，先以五个排比设问句提出问题，然后逐个回答，不枝不蔓，并逐层分析推理论述，每一点都归之为“仁”字，其推理严谨，分析透辟，行文游刃有余，结构紧凑，一气呵成。