云间：上海松江区古称云间，是作者家乡。1647年（永历元年/顺治四年），他在这里被逮捕。
三年：作者自1645年（弘光元年/顺治二年）起，参加抗清斗争，出入于太湖及其周围地区，至1647年（顺治四年），共三年。
羁旅：寄居他乡，生活飘泊不定。
羁：音（jī），停留。
南冠（guān），被囚禁的人。语出《左传》。楚人钟仪被俘，晋侯见他戴着楚国的帽子，问左右的人：“南冠而絷（zhi，拴、捆）者，谁也？”后世以“南冠”代被俘。
泉路：黄泉路，死路。泉，黄泉，指人死后埋葬的地穴。
毅魄，坚强不屈的魂魄，语出屈原《九歌.国殇》：“身即死兮神以灵，魂魄毅兮为鬼雄。”
灵旗，又叫魂幡，古代招引亡魂的旗子。这里指后继者的队伍。